Mimo naprawdę niewielkich rozmiarów zewnętrznych konstruktorom Toyoty udało się stworzyć auto o dość pojemnym wnętrzu. Wszystko za sprawą sześciu unikatowych rozwiązań technicznych: umieszczonemu z przodu mechanizmowi różnicowemu, centralnie umieszczonej przekładni kierowniczej (dzięki niej uzyskano dodatkową przestrzeń w komorze silnika), płaskiemu bakowi paliwa usytuowanemu pod podłogą, ultra cienkiej konstrukcji oparć foteli, pomniejszonemu modułowi klimatyzacji (o porównywalnej jednak wydajności do modułu Yarisa) oraz asymetrycznemu kokpitowi.

Toyota iQ to także bardzo bezpieczny samochód. Dzięki standardowym 10 poduszkom powietrznym (w tym pierwszemu na świecie airbagu tylnej szyby) oraz + (najnowszej wersji systemu stabilizacji toru jazdy) auto uzyskało wynik 5 gwiazdek w teście zderzeniowym Euro NCAP (mimo nowych, zaostrzonych rygorów testów, samochód uzyskał bardzo wysokie wyniki w poszczególnych kategoriach).